El territorio que ocupa el municipio de Jilotzingo se encuentra en la parte central del Estado de México, al noroeste de la ciudad de Toluca y hacia el oeste del Distrito Federal, ocupando la parte más alta y agreste de la cadena montañosa de Monte Alto, que es una prolongación noroccidental de la Sierra de las Cruces.
La mayor extensión territorial del municipio está localizada entre las coordenadas del paralelo 19º24'59" al paralelo 19º33'26" de latitud norte; del meridiano 99º19'56" al meridiano 99º28'25" de longitud oeste.
La extensión territorial del municipio es de 120 kilómetros cuadrados. Esta información corresponde a 1999, fecha en que se le resta una cantidad importante a la extensión territorial, según datos proporcionados por el IIIGECEM se reduce a 117.09 kilómetros cuadrados e incluso, se modifican las colindancias.
En virtud de que el municipio forma parte de una zona montañosa, abundan los cerros, entre los que destacan los de Apaxco, San Pablo, San Miguel, Gachupín, Ñangó, Tecxane, Monte Alto, El Organo, Geishto.
Los lugareños afirman que existen otros cerros bastante altos, como: Sehuayan, que posiblemente sea el de mayor altura y se encuentra en los límites con el municipio de Otzolotepec; mencionan también los cerros de Endoni y de Las Cabezas.
Por su altura sobre el nivel del mar y ser una zona boscosa, el municipio de Jilotzingo es una importante cuenca hidrológica, aunque desafortunadamente, por la ausencia de precipitación pluvial, han descendido los volúmenes de las corrientes que brotaban en sus manantiales.
El arroyo más caudaloso es el río de Santa Ana que posteriormente se convierte en "río" de La Colmena. Otros arroyos de importancia son los de Navarrete, San Luis, Cañada del Silencio y Los Ranchos.
En cuanto a manantiales, los más notables son: Texandeje, Capoxi, Diante, Los Capulines, El Rincón, Endeca, Las Tinajas, Pipilihuazco, Ojo de Agua, La Alameda, Megoh, Xote, Meje, Hierba Azul, Canta Ranas, Cieneguita, Villa Alpina, Gundo, Los Fresnos, Cutxi, Ojo de Agua y El Frutal.
El clima predominante en el municipio es el templado subhúmedo, con bastantes precipitaciones pluviales en el verano, calculándose en el año, 136 días son de lluvia apreciable un mínimo de 96 son nublados y sólo 129 son despejados.
La temperatura promedio anual es de 13.7°C, con una máxima de 29.5° y una mínima de 5.6°.
Cuando menos una vez al año, las nevadas convierten este rumbo en paisaje navideño, lo que es aprovechado para que miles de visitantes vengan a divertirse en los nevados bosques.
No obstante que la vocación del suelo es forestal, curiosamente no es la silvicultura la principal fuente de ingresos y de ocupación en el municipio de Jilotzingo.
Sin embargo, la producción forestal es el principal recurso natural con que cuenta el municipio, dado que aproximadamente el 80% de su territorio es forestal.
El suelo predominante en el municipio es de tipo luvisol crónico, el cual presenta las siguientes características: es un suelo de color pardo intenso rojizo, de buena fertilidad y textura arcillosa que lo hace no recomendable para el desarrollo urbano, si bien presenta drenaje interno eficiente, en labores agrícolas requiere de fertilización. Se ubica en la parte norte del municipio.
Como suelo secundario existe el andosol úmbrico, suelo derivado de la ceniza volcánica que se distingue por la alta capacidad de retención de humedad y fijación de fósforo. Este tipo de suelo, tiene una alta susceptiblidad a la erosión y de manera preferente, se debe destinar a la explotación forestal o a la creación de parques recreativos y turísticos.
De las 14,366 hectáreas de la superficie municipal, 11,299.3 (78.65%) se dedican a la explotación forestal, 1,311.2 (9.12%) al uso agrícola de temporal, 724.8 (5.05%) al uso pecuario y 73.1 (.51%) al uso urbano.
Las tierras erosionadas alcanzan las 23.7% hectáreas que del territorio municipal y 933.9 hectáreas (6.5%) tienen usos no especificados.
Casi el 79% de la extensión territorial son bosques poblados con las siguientes especies: oyamel, pino, ocote, madroño, roble, trueno, eucalipto, encino y coníferas, según las altitudes.
Sin duda alguna, la mayor riqueza de Jilotzingo son sus bosques, pues independientemente de la variedad forestal que tienen, son el principal soporte del equilibrio ecológico de la región de Monte Alto.
En el municipio de Jilotzingo encontramos tres variedades de bosque: encinos, abetos y pinos.
De las especies de encino existen cuatro especies dominantes: encino de hoja de laurel, "Quercus Laurina"; encino de hojas crasas, Quercus Magnolaefolia, encino mexicano, Quercus Mexicana y aile de hoja firme, Alnus.
En el bosque de abeto predomina la "Abies religiosa", comunmente conocido como oyamel.
En el bosque de pinos existen las especies de Pinus Montezume, Pinus Hartwegii y Pinus Patula.
Los frutales propios de regiones frías se reproducen y se desarrollan muy bien en este rumbo, de éstos destacan el perón, manzana, tejocote, ciruelo, chabacano y durazno cimarrón.
Dentro de la rama de plantas y hierbas, alcanzan buen crecimiento las siguientes: maíz, frijol, chícharo, haba, cebada, trébol, berro, nabo, rosas de diversas especies, epazote, palma real, girasol, calabaza, trigo, chilacayote, huazontle, cebolla, ajo, apio, papa, perejil y cempasúchil.
La fauna es escasa, aunque en tiempos no muy lejanos, en los bosques de Jilotzingo, existieron hasta venados.
Actualmente la fauna se ve reducida a las especies domésticas, tales como: conejo, hurón, tuza, cacomixtle, ratón, ardilla, liebre, camaleón, lagartija, serpientes, armadillo, ranas, sapos, acociles, tlacuache y murciélago.
Entre las aves podemos citar: lechuza, gavilán, cardenal, paloma y águila.
Insectos: libélula, grillo, mariposa, escarabajo, luciérnaga, araña, alacrán.
